Mimamsia combina tanto el enfoque estándar del proceso como el enfoque " no corriente " para llegar a una variante causal

Es cierto que el análisis de los datos genéticos es complejo y combina un profundo conocimiento de la tecnología que se utiliza detrás de los hallazgos y, a continuación, aborda los aspectos médicos relacionados con los mismos. En el mundo de la tecnología en rápida evolución y el rápido crecimiento de la información en el campo clínico, es un reto estar por encima de ambos. Cuando un diagnóstico clínico después de la Secuenciación de Exoma Entero y particularmente de Secuenciación de Genoma Entero es negativo, uno queda varado si la tecnología o los conocimientos clínicos que faltan tienen la clave de la respuesta correcta. A menudo, uno prefiere seguir adelante y enterrar los fantasmas de los fracasos detrás de la tecnología y la limitada comprensión de la genética. Mimamsia persigue cada caso negativo con un enfoque en las limitaciones de la tecnología y el conocimiento abrumador que se está adquiriendo constantemente.

La base de datos de variantes está en crecimiento

En los últimos años, la información sobre casi 20.000 nuevas variantes clínicamente relevantes surgió anualmente en la literatura pública, basada en la información recopilada por HGMD© Professional solamente. Esto es sólo la punta del iceberg, ya que todavía quedan muchas variantes en las bases de datos privadas de los laboratorios comerciales, que también están aumentando. Es importante destacar que esta información crece exponencialmente, lo que implica que un caso de Exoma/Genoma completo evaluado un año antes puede no haber sido evaluado con respecto a más de 20.000 variantes.

Más genes están clínicamente implicados anualmente

Un genoma humano codifica aproximadamente 20.000 genes codificadores de proteínas. Hasta el momento en que se recopiló la información (Septiembre de 2018), ha habido 3.961 genes en los que se ha descrito de un fenotipo causante de mutación. No sólo estamos aprendiendo con el tiempo sobre el papel de los nuevos genes en el ámbito clínico, sino también sobre el 99% de las regiones genómicas que no codifican ninguna proteína, y durante mucho tiempo ha sido un misterio con respecto a su función exacta. Sólo ahora estamos entendiendo vagamente cómo estas regiones podrían estar implicadas en diversas enfermedades.

La tecnología está evolucionando, pero cada nueva tecnología aporta su propio sesgo

La tecnología en rápida evolución permite que la muestra llegue rápidamente a los resultados de la secuenciación. Los sesgos, aunque bajos, siguen existiendo. Es fundamental abordar cada uno de estos sesgos para cualquier caso no resuelto.

• las plataformas de secuenciación pueden introducir errores específicos de la plataforma

• una química de secuenciación de 2 colores tiene un sesgo diferente que una química de secuenciación de 4 colores sobre secuencias específicas

• los diferentes kits de captura tienen sus propios sesgos sobre regiones específicas

• la tagmentación y la sonicación presentan sus propios sesgos inherentes

• y la lista sigue...

Los enfoques estándar de los procesos están diseñados para ser rápidos, consistentes y efectivos

Típicamente, una red de bioinformática estándar, incluyendo la evaluación clínica, está diseñada para cumplir con los requisitos de alto rendimiento de un laboratorio clínico para ser comercialmente viable. Aunque los procesos son rápidos y bastante precisos, siempre existe la posibilidad de que la información de una pieza crítica se pase por alto a costa de la velocidad. Los sistemas biológicos son intrínsecamente complejos y están naturalmente lejos de ser perfectos. Un ejemplo muy simplificado puede ser

• una variante tipica tiene una interlocución con aproximadamente al 98-99% de todas las variantes de un solo nucleótido con precisión y consistencia en el genoma completo. La precisión disminuye significativamente en las variables in-del.

• se puede optar por múltiples variantes de interlocución, y los subconjuntos de variantes que se superponen son los más confiables con un mayor grado de auténticos positivos.

Por lo general, los laboratorios pueden centrarse en estas variantes en regiones genómicas de baja complejidad y establecer sus umbrales en consecuencia para reducir la carga de la evaluación. En un entorno clínico de ritmo rápido, se pueden evitar las regiones de alta complejidad y mala calidad para reducir los falsos positivos y, por lo tanto, evitar la necesidad de cientos de confirmaciones de Sanger. Esto no implica en modo alguno que estas "regiones ignoradas" no alberguen una verdadera mutación. Este enfoque permite una precisión del 97-98% en un tiempo relativamente corto, pero las variantes faltantes del 2-3% se vuelven extremadamente críticas una vez que los resultados son negativos siendo necesario adoptar un enfoque diferente y más tedioso para superar las limitaciones técnicas que presentan los modelos estándar de procesos.

Características Claves de Nuestro Enfoque Único

• Nos enfocamos en los casos clínicos de WES y WGS que han resultado en resultados negativos, llenando así el vacío que falta en el diagnóstico positivo.

• El análisis adopta enfoques tanto estándar como no convencionales, en regiones genéticas que pueden explicar el fenotipo. Se adopta un enfoque específico para cada caso basado en el fenotipo y la población de referencia, en lugar de un enfoque estándar de procesamiento.

• Consultamos la información más reciente en el campo clínico y de investigación, nos centramos en mutaciones complejas, VNCs, reordenamientos, expansiones y examinamos críticamente las regiones de alta complejidad en el genoma.

• Nuestra facturación se basa únicamente en resultados positivos, por lo que está orientada a la solución. Esto nos permite pensar más desde la perspectiva de la solución al paciente que desde la perspectiva de la tecnología.

• Nunca dejamos de revisar los casos no resueltos con respecto a nuevos conocimientos en el campo en busca de nuevas respuestas.

• Nos acercamos a usted con una respuesta, y no esperamos a que usted venga a nosotros. Nuestra facturación basada en resultados garantiza que nuestro éxito esté vinculado al suyo. No se cierra ninguna solicitud a menos que hayamos encontrado la causa genética subyacente detrás del fenotipo.